Foi capturada pela companhia da Índia holandesa em fevereiro de 1603 ao largo de Singapura. O saque deste navio mercante foi de tal maneira grande que a venda posterior arrecadou o dobro do capital da própria Companhia da Índia.
Foi construída em Cochim, no Estado Português da Índia, e lançada ao mar em 1512.
Serviu na Carreira da Índia até 1520, ano em que foi escolhida para nau-capitânia da armada que conduziu à Itália a Infanta D. Beatriz - filha de Manuel I de Portugal - que iria casar com Carlos III de Saboia.
Em 1524 foi escolhida para capitânia da armada que iria conduziu Vasco da Gama à Índia, como seu vice-rei.
No oceano Índico participou em operações navais, entre as quais se destacou o ataque a Mombaça (1528), quando serviu de capitânia a D. Nuno da Cunha, tendo a cidade sido arrasada pelo fogo da artilharia portuguesa na ocasião.
A nau encontra-se representada numa pintura atribuída a Joachim Patinir, no século XVI.
Os holandeses que haviam descoberto as rotas em 1596 graças a Jan Huygen van Linschoten, tentavam apropriar-se de alguma da riqueza para eles, durante a união ibérica e Dinastia Filipina. Este período marcou o fim do monopólio português no oceano Índico.
Na alvorada de 25 de Fevereiro de 1603, 3 navios holandeses sob o comando do Almirante Jakob Van Heemskerk avistaram a nau ancorada na costa leste de Singapura. Depois de algumas horas de combate, os holandeses dominaram a tripulação que abdicou assim das mercadorias e do navio, em troca das próprias vidas. A mercadoria era particularmente valiosa pois continha vários quilogramas de almíscar. Estava também repleto de mercadoria vinda da China e do Japão e navegava de Macau para Malaca. O navio foi oficialmente confiscado em Amesterdão a 4 de Setembro de 1604.
A tomada e saque do Santa Catarina pelos holandeses gerou protestos internacionais, e até mesmo nos Países Baixos. O feito quebrava a política de Mare Clausum dos portugueses no oceano Índico. Para defender-se, os representantes da Companhia da Índia holandesa procuraram o jovem e renomado jurista Hugo Grotius.
No ano seguinte, em 1604, Grotius formulou uma extensa defesa sobre os princípios de justiça natural. Num dos capítulos, denominado de Mare Liberum ("Sobre o Mar Livre"), Grotius defendia o princípio de que o mar era um território internacional e todas as nações livres de utilizá-lo para comércio. Ao advogar o "Mare Liberum", deu uma sustentação ideológica para que os holandeses quebrassem vários monopólios comerciais, utilizando a sua formidável potência naval para estabelecer depois o seu próprio monopólio.
As reacções não se fizeram esperar: A Inglaterra, em competição cerrada com os holandeses pelo domínio do comércio mundial, opôs-se a esta ideia e reclamou a soberania sobre as águas que rodeavam as ilhas Britânicas. Da controvérsia gerada pelo conflito entre estas duas visões, os estados marítimos acabariam por moderar as suas exigências de domínio marítimo, uma base sustentável foi encontrada em 1702, restringindo o domínio marítimo até à distância de um tiro de canhão a partir da costa. Este limite seria universalmente adoptado e estabelecido no limite das três milhas marítimas da costa.
Bibliografia recomendada: van Ittersum, Martine Julia (2006). Hugo Grotius, Natural Rights Theories and the Rise of Dutch Power in the East Indies 1595-1615. Boston: Brill
«A Captura da Nau Santa Catarina». Eduardo Pires Coelho. 2 de junto de 2013. Consultado em 12 de janeiro de 2015 Verifique data em: |data= (ajuda)
A "Santa Catarina do Monte Sinai" foi um navio português que foi lançado à água em 1512 em Cochim, mas que foi perdido por volta de 1530. A sua carreira é bem documentada até esse ano. A Nau "Santa Catarina" de que o artigo fala é obviamente outro navio.